10 日くらい前から Debian squeeze で migemo が使えなくなってしまいま
した。

正常に実行できる Meadow と " migemo" バッファを比べてみると、
Debian の方は文字化けしています。migemo_0.40-8 の /usr/bin/migemo
への以下の修正が影響しているようです。

# 修正前
puts regex_str

# 修正後
puts ENV['LANG'].include?("UTF-8") ? NKF.nkf('-Ew', regex_str) : regex_str

/usr/share/emacs/site-lisp/migemo/migemo.el も修正する必要があった
ようで、#546920 で対応されました。migemo_0.40-10 では直るようです。

しかしまだ squeeze には降りてきていないので、当面は ~/.emacs に以下
を設定し生活することにします。

(setq migemo-coding-system ‘utf-8-unix)

追記(2009-09-29):
migemo_0.40-10 が squeeze に降りてきたので、migemo-coding-system の
設定を削除しました。