実際には邪魔にならないような場所にマウスポインタを飛ばすだけ。でもなかなか良いよ。
ただし -nw で起動した時はさすがに動いてくれない。以下を ~/.emacs.el に追加した。

(if (eq window-system 'x)
    (mouse-avoidance-mode 'animate))

重なっている時に何か文字を打つと、マウスポインタがひょこひょこと逃げていく。
animate 以外にも banish, exile, jump などいろいろあるみたい。
詳しくは M-x describe-function [Enter] mouse-avoidance-mode [Enter] 見るべし。

Meadow だと、以下の設定で本当に消せる。

(setq w32-hide-mouse-on-key t)
(setq w32-hide-mouse-timeout 5000)