In-Reply-To:って複数の Message-Id:を指定できるみたい。知らなかった。[mew-dist 23085]
RFC2822:
message-id = "Message-ID:" msg-id CRLF
in-reply-to = "In-Reply-To:" 1*msg-id CRLF
references = "References:" 1*msg-id CRLF
仮にccヘッダに、A、B、Cという３つのアドレスが書かれているメールがあった場合、それをメールソフトが「RCPT-To: A」と書いたメール、そして「RCPT-To: B」、さらに「RCPT-To: C」と書いた３つのメールに分け、それを順々に１通１通、配送プログラムに渡している。
↓RFC822 に規定されているヘッダは全て説明しているのでいいかも。
http://www2.luice.or.jp/~deai/backn/master/index.html