xev でキーコードを確認し，xmodmap で
|keycode 115 = Hyper_L
|keycode 116 = Hyper_R
|add mod3 = Hyper_L
|add mod3 = Hyper_R
として Windows キーを Hyper キーとして使えるらしい。
Super キーというのもあるらしい。