たとえば、

% xset fp+ /usr/local/share/fonts/marumoji

とすると、フォントパスの最後に /usr/local/share/fonts/marumoji が加わり、

% xset +fp /usr/local/share/fonts/shinonome

とすると、フォントパスの先頭に /usr/local/share/fonts/shinonome が加わります。

フォントパスは

% xset q

とすると、

Keyboard Control:
  auto repeat:  on    key click percent:  0    LED mask:  00000000
[...]
Font Path:
  /usr/local/share/fonts/shinonome,unix/:7100,/usr/local/share/fonts/marumoji
[...]

のように確認できます。