たとえば、
% xset fp+ /usr/local/share/fonts/marumoji
とすると、フォントパスの最後に /usr/local/share/fonts/marumoji が加わり、
% xset +fp /usr/local/share/fonts/shinonome
とすると、フォントパスの先頭に /usr/local/share/fonts/shinonome が加わります。
フォントパスは
% xset q
とすると、
Keyboard Control:
  auto repeat:  on    key click percent:  0    LED mask:  00000000
[...]
Font Path:
  /usr/local/share/fonts/shinonome,unix/:7100,/usr/local/share/fonts/marumoji
[...]
のように確認できます。